De rechter vindt dat Jansen op z'n ‘minst genomen de grenzen van de redactionele vrijheid heeft opgezocht, zo niet bij tijd en wijle heeft overschreden.’ Daardoor ‘ontbreekt nu de benodigde vertrouwensbasis om de arbeidsovereenkomst nog langer te laten voortduren.’

De rechter vindt echter ook dat ‘niet is gebleken dat Jansen is tekortgeschoten in de uitoefening van zijn taak als wetenschappelijk medewerker.’ Ook is niet gebleken dat de ontstane situatie ‘uitsluitend of grotendeels aan Jansen te wijten is.’

De problemen begonnen in juni 2005, toen Jansen in een artikel toenmalig CDA-minister Aart Jan de Geus verweet er een potje van te maken. Ook had hij kritiek op het zorgstelsel, dat ‘uit de koker’ van het wetenschappelijk instituut van het CDA kwam. De aanhoudende kritiek van Jansen leidde tot botsingen met toenmalig directeur Ab Klink van het instituut, de huidige minister van Volksgezondheid.

Thijs Jansen zegt in een reactie op het vonnis dat het Wetenschappelijk Instituut er de rechter niet van heeft kunnen overtuigen dat sprake was van disfunctioneren. Wel dat de grensgeschillen over de reikwijdte van de hoofdredactionele vrijheid ten koste zijn gegaan van het vertrouwen.